在建筑消防设施检查过程中，常见的问题包括未定期检测火灾自动报警系统（A）、消防水源未按规定设置（B）以及灭火器超过有效期未更换（D）、疏散指示标志不清晰（E）。这些都是影响消防设施正常运行和人员安全疏散的重要因素。选项C描述的是合规的情况，不是检查中发现的问题。